《校注病機賦》分為上、中、下三篇，首列病因，次列病證，並解釋病機，最后部分病證列辨證、鑒別、治法等內容。上篇以（四氣）（六淫）開篇，接着提出了（五科七事）（十劑七方）的概念，繼而又提出診病須四診合參，最后闡發了區分證候真假的重要性，並就此提出了相關正治、反治的方法。中篇首先分析——外科病證的病機，進而提出了一些辨證的觀點，同時針對具體病證加以發揮。下篇先對水腫、痰證、痢疾等內科病證進行辨證，接着介紹瘕瘕與積聚的鑒別和治療，並強調診病須（求內外之因，審寒熱新久）（望聞問切，熟審病機），治療要（急則治標，緩則治本），最后還提到了行氣導引的治療方法。