分為藥丸部、藥散部、藥膏部、藥丹部、膠酒部、藥曲部，有不屬於以上各部者，另辟雜方部，並從內科、外科、兒科、婦科等方面進行用藥論述。全書共收錄丸劑185例；散劑59例；膏荊23例，新增養生類膏劑44例；丹劑49例；膠酒劑16例；其他方59例。

（甲）藥丸部內科門補益類（一）景岳全鹿丸（張景岳方）（二）十全大補丸（《太平惠民和劑局方》）（三）金匱腎氣丸即桂附八味丸（一名崔氏八味丸）（《金匱》方）（四）八珍丸（《六科准繩》方）（五）歸腎丸（張景岳方）（六）人參養營丸（《太平惠民和劑局方》）（七）千斤大力丸附：滋補大力丸（八）補中益氣丸（李東垣方）（九）濟生歸脾丸濟生方附：黑歸脾丸（十）大補元煎丸（張景岳方）（十一）河車大造丸（吳球方）（十二）景岳右歸丸（張景岳方）（十三）人參固本丸（葉氏丸）（十四）補火丸（驗方）（十五）黑地黃丸（《保命集》方）（十六）歸藥六君丸（驗方）（十七）附子理中丸（《證治准繩》方）（十八）補天大造丸（《沈氏尊生方》）（十九）班龍百補丸（驗方）（二十）天真丸（《御藥院方》）（二一）金匱薯蕷丸（《金匱要略》方）（新增）（二二）無比山藥丸（張子和方）（二三）扁鵲玉壺丸即玉壺丹（元壽先生方）（二四）打老兒丸（華佗方）（二五）脾腎雙補丸（驗方）滋陰類（一）六味地黃丸（錢乙方）（二）知柏八味丸即知柏地黃丸（三）歸芍六味丸即歸芍地黃丸（驗方）（四）景岳左歸丸（張景岳方）（五）坎離既濟丸（《沈氏尊生方》）（六）二至丸（《六科准繩》方）（七）大補陰丸（朱丹溪方）健運類（一）六君丸（《太平惠民和荊局方》）（二）香砂六君丸（三）枳術丸（張潔古方）（四）香砂枳術丸（張潔古方）（五）資生丸（繆仲淳方）（六）丁香爛飯丸（《蘇沈良方》）（七）葛花解酲丸（李東垣方）（八）理中丸（《傷寒》方）（九）神效虎肚丸（驗方）痰飲類（一）礞石滾痰丸（《養生主論》方）（二）順氣消食化痰丸（《瑞竹堂經驗方》）（三）清氣化痰丸（驗方）（四）指迷茯苓丸（《千金方》）（五）理中化痰丸（《證治准繩》方）（六）橘半枳術丸（《張氏醫通》方）（七）蘇合香丸（《太平惠民和劑局方》）（八）安宮牛黃丸（《溫痛條辨》方）（九）節齋化痰丸（節齋方）（十）十棗丸（《金匱》方）（新增）神志類（一）朱砂安神丸（李東垣方）（二）定志丸（《千金方》）（三）安神定志丸（《沈氏尊生方》）瘧痢類（一）鱉甲煎丸（《金匱》方）（新增）（二）聖濟鱉甲丸（《聖濟總錄》方）（三）香連丸（《太平惠民和荊局方》）（四）二十四制清寧丸一名青麟丸（五）六神丸（《證治准繩》方）（六）木香檳榔丸（《衛生寶鑒》方）（七）仲景烏梅丸（《傷寒論》方）（八）駐車丸（《千金方》）遺濁類（一）二妙丸（朱丹溪方）（二）三妙丸（三）金鎖固精丸（四）青娥丸（《太平惠民和劑局方》）（五）豬肚丸（《證治准繩》方）（六）鎖精丸（《證治准繩》方）（七）治濁固本丸（八）威喜丸（《太平惠民和劑局方》）（九）五子丸（《世醫得效方》）（十）滋腎丸一名通關丸（李東垣方）（十一）金櫻固精丸（十二）壬子丸（十三）固真丸（景岳方）癲癇類（一）白金丸（二）定癇丸（《醫學心悟》方）附：證治准繩定癇丸（三）斷癇丸（《證治准繩》方）（四）人參回生再造丸（五）青州白丸子（《太平惠民和制局方》）泄利類（一）二神丸（《類證普濟本事方》）（二）四神丸（《證治准繩》方）（三）大七香丸（《太平惠民和劑局方》）郁結類（一）左金丸（朱丹溪方）（二）戊己丸（《太平惠民和荊局方》）（三）越鞠丸（朱丹溪方）（四）沉香化氣丸（驗方）（五）木香順氣丸（李東垣方）（六）當歸龍薈丸（錢氏方）（七）綠萼梅花丸（王潛齋方）（新增）（八）瀉青丸（錢乙方）（新增）（九）抑青丸（朱丹溪方）（新增）積滯類（一）保和丸（朱丹溪方）（二）和劑紅丸（《太平惠民和劑局方》）（三）和中丸（《證治准繩》方）（四）三黃枳術丸（朱丹溪方）（五）三物備急丸（《金匱》方）（六）陰陽攻積丸（喬三余方）（七）中滿分消丸（李東垣方）（八）百順丸（張景岳方）（九）陸氏潤字丸（《三世醫驗》方）（十）枳術導滯丸（李東垣方）一名枳實導滯丸便秘類（一）更衣丸（二）半硫丸（《太平惠民和劑局方》）（三）麻仁丸一名脾約麻仁丸（《金匱》方）暑疫類（一）消暑丸（《太平惠民和劑局方》）（二）藿香正氣丸（《太平惠民和劑局方》）（三）六和定中丸（四）痧藥蟾酥丸（驗方）（五）香薷丸（《太平惠民和劑局方》）（六）純陽正氣丸（驗方）（七）清暑益氣湯（李東垣方）（八）梅酥丸（驗方）（九）羅漢丸癩疝類（一）濟生橘核丸（《濟生方》）（二）胡蘆巴丸（《太平惠民和劑局方》）痿痹類（一）虎潛丸（朱丹溪方）（二）虎骨四斤丸（《和荊局方》）一名虎骨木瓜丸咳嗽類（一）八仙長壽丸（二）杏仁丸（三）七味都氣丸（四）附子都氣丸（五）七味地黃丸即玉桂七味丸，又七味丸（《瘍醫大全》方）（六）參麥六味丸（驗方）（七）金水六君丸（張景岳方）（八）百合固金丸（《趙蕺庵方》）（九）半貝丸（《格言聯璧》方）（十）冷哮丸（《張氏醫通》方）附：三建膏方（十一）葶藶丸（《證治准繩》方）（十二）寧嗽丸（驗方）（十三）皂莢丸（《金匱》方）（新增）腫脹類（一）舟車丸（劉河間方）一名舟車神佑丸，又名凈府丸（二）濟生腎氣丸（《濟生方》）（三）禹余糧丸（《三因極一病證方》）一名大針砂丸（四）大溫中丸（朱丹溪方）（五）小溫中丸（朱丹溪方）（六）己椒藶黃丸（《金匱》方）（新增）（七）局方溫白丸（《太平惠民和劑局方》）喉牙類（一）黃連上清丸（驗方）（二）雷氏六神丸（雷氏方）血症類（一）十灰丸（《醫統方》）（二）四生丸（類方）耳目類（一）磁石六味丸（二）磁朱丸（《千壘方》）（三）耳聾左慈丸（四）杞菊地黃丸（五）明目地黃丸（六）滋陰地黃丸即熟地黃丸（李東垣方）（七）石斛夜光丸（《蘇沈良方》）（新增）（八）桑麻丸（胡僧方）婦科門經帶類（一）女科八珍丸（二）四制香附丸（驗方）（三）神效益母丸（四）白鳳丸（五）四物益母丸（《濟生方》）（六）調經止帶丸（驗方）（七）白帶丸（驗方）（八）大黃唐蟲丸（《金匱》方）（九）烏金丸（驗方）（十）抵當丸（《傷寒》方）（新增）（十一）烏賊骨丸（《素問，腹中論》）（新增）（十二）桂枝茯苓丸（《金匱》方）（新增）種子類（一）調經種子丸（驗方）（二）魚鰾種子丸一名赤腳大仙魚鰾種子丸（驗方）（三）艾附暖官丸（《沈氏尊生方》）（四）千金吉祥丸（《千金方》）（五）五子衍宗丸（朱丹溪方）（六）毓麟丸（驗方）胎產類（一）寧坤丸（驗方）附狀元寧坤丸（二）千金保孕丸（《千金方》）（三）千金保胎丸（《沈氏尊生方》）（四）竹皮大丸（《金匱》方）（新增）兒科門補益類（一）健脾肥兒丸（《醫宗金婺》方）驚痰類（一）牛黃抱龍丸（二）琥珀抱龍丸（曾氏方）（三）小兒驚風丸一名十全抱龍丸（四）萬氏牛黃清心丸（萬氏方）（五）牛黃清心丸（驗方）疳積類（一）五疳保童丸（二）人參乳疳丸（三）九味蘆薈丸（《中藏經》方）（四）犀角解毒丸（《瘍醫大全》方）（五）化蟲丸（《太平惠民和荊局方》）外科門瘡瘍類（一）蠟礬丸（《沈氏尊生方》）（二）神效疥瘡丸（三）□峒丸（《全生集》方）瘰痔類（一）消瘰丸（《醫學•心悟》方）（二）香梅丸（三）臟連丸（《儒門事親》方）（四）槐角丸（《洗氏尊生方》）……（乙）藥散部（丙）藥膏部（丁）藥丹部（戊）膠酒部（己）藥曲部（庚）雜方部附錄