共八卷，清史以甲著。《傷寒正宗》前三卷運用「方證同條，比類相附」的研究方法，並於每條經文之中以小字附注的形式施加按語，對原書條文進行了疏解。五卷為證治方論，史氏將傷寒證侯歸納為112種，並補充方劑200余首，匯集前賢方論22家，充了《傷寒論》方論的不足。《傷寒正宗》文字精煉，釋義透徹，於《傷寒論》精蘊多有揭示，是一本難得的傷寒學著作，適合中醫工作者臨床參考。《傷寒正宗》約成書於公元1678年（清康熙17年），刻印出版則遲至公元1685年（康熙24年）之后，現存康熙刻本與日本抄本，今以康熙原刻本為底本進行校注整理。

卷之一太陽經風傷衛之證桂枝湯方五苓散方桂枝加附子湯方桂枝加桂湯方桂枝人參湯方葛根黃芩黃連湯方桂枝去芍藥湯方桂枝去芍藥加附子湯方桂枝加厚朴杏子湯方桃仁承氣湯方抵當湯方十棗湯方大陷胸湯方大陷胸丸方太陽經寒傷營之證麻黃湯方小建中湯方茯苓甘草湯方芍藥甘草附子湯方新加湯方麻黃杏仁甘草石膏湯方桂枝甘草湯方茯苓桂枝甘草大棗湯方厚朴生姜甘草半夏人參湯生姜瀉心湯方甘草瀉心湯方大黃黃連瀉心湯方附子瀉心湯方半夏瀉心湯方赤石脂禹余糧湯方大柴胡湯方旋覆代赭石湯方小陷胸湯方文蛤散方白散方柴胡桂枝湯方柴胡加龍骨牡蠣湯炙甘草湯方四逆湯方梔子厚朴湯方梔子干姜湯方梔子豉湯方梔子生姜豉湯方梔子甘草豉湯方干姜附子湯方茯苓桂枝白術甘草湯抵當丸方桂枝附子湯方去桂加白術湯方即術附湯甘草附子湯方麻黃連軺赤小豆湯方梔子柏皮湯太陽經風寒兩傷之證大青龍湯方溫粉方真武湯方桂枝麻黃各半湯方桂枝二越婢一湯方桂枝二麻黃一湯方桂枝去桂加茯苓白術湯方桂枝去芍藥加蜀漆龍骨牡蠣救逆湯方桂枝甘草龍骨牡蠣湯方甘草干姜湯方芍藥甘草湯方茯苓四逆湯主之黃連湯方小青龍湯方白虎湯方白虎加人參湯卷之二陽明經邪入陽明未離太陽證小承氣湯方調胃承氣湯方豬苓湯方茵陳蒿湯方陽明經正陽陽明之證蜜煎導方豬膽汁方大承氣湯方麻仁丸方陽明經邪趣少陽未離陽明之證少陽經小柴胡湯方柴胡桂枝干姜方合病桂枝加葛根湯方葛根湯方葛根加半夏湯方黃芩湯方黃芩加半夏生姜湯方並病壞病痰病瓜蒂散方卷之三太陰經證桂枝加芍藥湯方桂枝加大黃湯方少陰經本經宜溫之證麻黃附子細辛湯方附子湯方麻黃附子甘草湯方吳茱萸湯方白通湯方白通加豬膽汁湯方通脈四逆湯方通脈四逆加膽汁湯方少陰經傳經熱邪之證黃連阿膠湯方桃花湯方豬膚湯方甘草湯方桔梗湯方半夏散及湯方苦酒湯方四逆散方厥陰經證烏梅丸方當歸四逆湯方麻黃升麻湯方干姜黃連黃芩人參湯方白頭翁湯方過經不解之證柴胡加芒硝湯方瘥后勞復之證枳實梔子湯方牡蠣澤瀉散方理中圓方竹葉石膏湯方陰陽易之證燒視散方卷之四四時不同傳變汗下大法吐法愈解陰陽表里標本類證察色察目察鼻察口唇察耳察舌察身卷之五發熱黃芪湯川芎湯九味羌活湯神術湯解表雜方和解散《和劑》十味芎蘇散養胃湯《和劑》五積散《和劑》人參敗毒散《和劑》參蘇飲《元戎》加味香蘇散《拔粹》十神湯《和劑》藿香正氣散《和劑》大白術湯《保命》本事黃芪建中加當歸湯潮熱惡寒惡風往來寒熱瘧狀頭痛項強體痛身重身癢面赤腹滿腹痛少腹滿胸脅滿痛自汗防風白術牡蠣散盜汗頭汗手足汗無汗不大便不得卧酸棗仁湯加味溫膽湯酸棗湯黃連解毒湯梔子烏梅湯譫語狂亂循衣摸床多眠郁冒煩熱煩躁懊?……卷之六卷之七卷之八