「一年戰爭」中，伊歐‧弗雷明與達利爾‧羅倫茲在THUNDERBOLT宙域的激戰中倖存下來。兩人的命運留待第二年，0080年的「地球」做一了斷。在急襲水上都市利格的行動過後，伊歐得知過去的戀人克洛迪雅成了吉翁的俘虜。

　　另一方面，與克洛迪雅出現共鳴的達利爾決意背叛吉翁，投身於南洋同盟。這是為了讓退化為幼兒的卡拉復原，也是為了再次駕駛感應薩克──