按藥物功效分為了發散、涌吐、清涼、和解、開透、通利、攻瀉、溫熱、消化9類藥物，共收載藥物373種。每一類藥物之下又分若干小類，如發散劑分溫散風寒、涼散風熱、燥散風濕、解散風毒、升散郁火5類；清涼劑又分輕清氣熱藥、輕清血熱藥、大涼氣熱藥、大涼血熱藥4類。在論藥時，先簡述每藥的屬性分類、性味歸經、功效主治，然后附以何氏的按語。何氏結合臨床心得，並引用了大量文獻，來說明藥物的實際應用，所引文獻不但有《神農本草經》《千金方》《本草綱目》等中醫藥典籍，還引用了日本的一些藥學研究文獻，並參以西醫的藥理知識來解讀中藥。何廉臣（1861—1929），近代著名的中醫臨床家、著名的紹派傷寒大家，善治熱病。他學識淵博，倡導整理醫籍以保存國粹，一生著述甚多。

實驗藥物學原起序卷一發散劑（統計七十品）論溫散風寒藥溫散風寒藥（計十三品）論涼散風熱藥涼散風熱藥（計二十一品）論燥散風濕藥燥散風濕藥（計二十品）論解散風毒藥解散風毒藥（計十品）論升散郁火藥升散郁火藥（計六品）卷二涌吐劑（統計十二品）涌吐痰涎藥（計六品）涌吐毒物藥（計六品）卷三清涼劑（統計七十品）輕清氣熱藥（計十一品）輕清血熱藥（計十九品）大涼氣熱藥（計七品）大涼血熱藥（計三十三品）卷四和解劑（統計十品）和解表里藥（計六品）和解三焦藥（計四品）卷五開透劑（統計三十六品）芳香開竅藥（計七品）幽香開竅藥（計四品）輕清透絡藥（計十九品）大涼透絡藥（計六品）卷六通利劑（統計四十七品）通氣利尿藥（計十二品）通血利溺藥（計十二品）通利淋濁藥（計十七品）通逐敗精藥（計六品）卷七攻瀉劑（統計二十九品）攻氣瀉水藥（計十一品）攻血瀉瘀藥（計九品）攻食瀉火藥（計四品）攻積瀉蟲藥（計五品）卷八溫熱劑（統計二十六品）溫健中氣藥（計九品）溫和血分藥（計十品）熱壯元陽藥（計七品）卷九消化劑（統計七十三品）消痰溫化藥（計十品）消痰清化藥（計十六品）消食溫化藥（計十一品）消食清化藥（計六品）消瘀溫化藥（計六品）消瘀清化藥（計五品）消核變質藥（計五品）消化蟲積藥（計十一品）消化酒毒藥（計三品）溫熱驗方梔豉湯葛根芩連湯麻杏石甘湯黃芩湯葳蕤湯六神通解散藿朴夏苓湯茵陳胃苓湯茵陳五苓散除疸丸清熱滲濕湯黃連溫膽湯藿香左金湯絳礬丸蠶矢湯燃照湯連朴飲星香導痰丸沉香百消曲加昧枳實梔豉合小陷胸湯加昧蘆根飲子加減白虎湯加減銀翹散加昧二陳湯加昧五苓散加昧小陷胸湯加減半夏瀉心湯控涎丹伐木丸加昧連茹橘半湯加減小陷胸合半夏瀉心湯昌陽瀉心湯太乙紫金丹厥證返魂丹承氣陷胸湯小陷胸湯合朴黃丸朴黃丸一枳實導滯丸神芎導水丸陸氏潤字丸調胃承氣湯犀連承氣湯桃仁承氣湯犀角地黃湯茵陳蒿湯千金生地黃湯養榮承氣湯雪羹加味煎阿膠雞子黃湯導赤散合加味虎杖散豬苓湯合碾鼠矢散新定達原飲加減甘露飲參麥六昧湯加減復脈湯石氏犀地湯瓜霜紫雪丹拔萃犀角地黃湯葉氏加減復脈湯三甲復脈湯邵氏熱郁湯犀地桑丹湯更衣丸犀羚白虎湯加昧方千金生地黃煎加減竹葉石膏湯加減犀羚二鮮湯滋液救焚湯龍膽瀉肝湯平陽清里湯清燥救肺湯岩制川貝葛氏保和湯潤肺雪梨膏青蒿鱉甲煎