《小兒藥證直訣》共3卷，上卷為脈證治法，論述小兒脈法、變蒸、五臟所主、五臟病等81種脈證：中卷記載錢乙所治醫案23例；下卷載方123首。卷末附《閻氏小兒方論》及《董氏小兒斑疹備急方論》兩書。全書論治始終遵循「小兒臟腑柔弱，易虛易實，易寒易熱」這一生理、病理特點，遣方用藥寒溫適度，補瀉並用，扶正祛邪兼顧，以柔養臟腑為本。其中不少良萬，如六味地黃丸、導赤散、瀉白散、瀉黃散、白術散等至今仍廣泛應用於臨床。

卷上 脈證治法 小兒脈法 變蒸 五臟所主 五臟病 肝外感生風 肝熱 肺熱 肺盛復有風冷 肺虛熱 肺臟怯 心熱 心實 腎虛 面上證 目內證 肝病勝肺 肺病勝肝 肝有風 肝有熱 肝有風甚 驚癇發搐 早晨發搐 日午發搐 日晚發搐 夜間發搐 傷風后發搐 傷食后發搐 百日內發搐 急驚 慢驚 五癇 瘡疹候 傷風 傷風手足冷 傷風自利 傷風腹脹 傷風兼臟 傷風下后余熱 傷寒瘡疹同異 初生三日內吐瀉壯熱 初生三日以上至十日吐瀉身溫涼 初生下吐 傷風吐瀉身溫 傷風吐瀉身熱 傷風吐瀉身涼 風溫潮熱壯熱相似 腎怯失音相似 黃相似 夏秋吐瀉 吐乳 虛贏 咳嗽 諸疳 胃氣不和 胃冷虛 積痛 蟲痛虛實腹痛附 蟲與癇相似 氣不和 食不消 腹中有癖 虛實腹脹腫附 喜汗 盜汗 夜啼 驚啼 弄舌 丹瘤 解顱 太陽虛汗 胃怯汗 胃嘛 胎肥 胎怯 眙熱 急欲乳不能食 龜背龜胸 腫病 五臟相勝輕重 雜病證 不治證 卷中 記嘗所治病二十三證 卷下 諸方 大青膏 涼驚丸 粉紅丸 瀉青丸 地黃丸 瀉白散 阿膠散 導赤散 益黃散 瀉黃散 白術散 塗囟法 浴體法 甘桔湯 安神丸 當歸湯 瀉心湯 生犀散 白餅子 利驚丸 栝樓湯 五色丸 調中丸 塌氣丸 木香丸 胡黃連丸 蘭香散 白粉散 消積丸 安蟲散 紫霜丸 止汗散 香瓜丸 花火膏 白玉散 牛黃膏 牛黃丸 玉露丸 百祥丸 牛李膏 宣風散 麝香丸 大惺惺丸 小惺惺丸 銀砂丸 蛇黃丸 三聖丸 鐵粉丸 銀液丸 鎮心丸 金箔丸 辰砂丸 剪刀股丸 囊蟾丸 軟金丹 桃枝丸 蟬花散 鉤藤飲子 抱龍丸 豆卷散 龍腦散 虛風方 虛風又方 褊銀丸 又牛黃膏 五福化毒丹 羌活膏 郁李仁丸 犀角丸 異功散 藿香散 如聖丸 白附子香連丸 豆蔻香連丸 小香連丸 二聖丸 沒石子丸 當歸散 溫白丸 豆蔻散 溫中丸 胡黃連麝香丸 大胡黃連丸 榆仁丸 大蘆薈丸 龍骨散 橘連丸 龍粉丸 香銀丸 金華散 安蟲丸 蕪荑散 膽礬丸 真珠丸 消堅丸 百部丸 紫草散 秦艽散 地骨皮散 人參生犀散 三黃丸 治囟開不合、鼻塞不通方 黃芪散 虎杖散 捻頭散 羊肝散 蟬蛻散 烏藥散 二氣散 葶藶丸 麻黃湯 生犀磨汁 大黃丸 使君子丸 青金丹 燒青丸 敗毒散 附方 木瓜丸 青金丹 生犀散 大黃丸 鎮心丸 涼驚丸 獨活飲子 三黃散 人參散 檳榔散 黃芪散 地骨皮散 蘭香散 敷齒立效散 蚵皮丸 閻氏小兒方論 治法 治小兒急慢驚 治小兒吐瀉 金液丹治小兒吐瀉虛極 驚風或泄瀉等 沼小兒急驚方搐 治急慢驚 治小兒實熱疏轉 治小兒驚風痰熱 治小兒瘡疹傷食相似 治小兒瘡疹 治小兒脾胃虛弱 小兒治法 藥方 升麻葛根湯 惺惺散 消毒散 黃柏膏 胡荽酒 四聖散 又方藍根散 治瘡疹倒饜黑陷 又方 龍腦丸 甘露飲子 白虎湯 調肝散 治瘡疹八眼 又方洽瘡疹入眼成翳 又方 治口瘡 治膿耳 治蓄熱 治蟲咬心痛欲絕 治脾胃虛寒吐瀉等病，及治冷痰 治外腎腫硬成疝 鉤藤膏 魏香散 地黃散 治熱痢下血 菖蒲丸 雞頭丸 羚羊角丸 全蠍散 和中散 紫蘇子散 赤石脂散 柏墨散 至寶丹 紫雪 理中丸 五苓散 附子理中丸 金液丹 又方 青州白丸子 小柴胡湯 董氏小兒斑疹備急方論 序 自序 總論 藥方 升麻散 白虎湯 紫草散 抱龍丸 救生散 牛李膏 玳瑁散 利毒丸 如聖湯 甘露飲 神仙紫雪 調肝散 護目膏 胡荽酒 牛黃散 蛇蛻散 真珠散 后序