《針灸甲乙經》全書十二卷，共一百二十八篇，其內容大致為：卷一論臟腑、氣血津液，卷二論經絡，卷三論腧穴，卷四論脈診，卷五論刺灸法，卷六論病因病機，卷七至卷十二論臨床各科疾病的針灸治療。如此按基礎理論、經絡腧穴、診斷、刺灸操作、臨床治療的編排次序，系統而有條理，對後世影響甚大。唐代《千金要方》、《外台秘要》等有關針灸的內容多取材於此書，北宋官頒針灸腧穴專書《銅人腧穴針灸圖經》也以本書第三卷為基礎加以擴充而成。在唐代及稍後的日本、朝鮮等國醫事律令中，本書均被列為中醫學之必修教材。足顯其在中醫學中的經典地位。

《針灸甲乙經》經由北宋校正醫書局校勘，南宋以後刊刻較少。後世傳本皆據北宋校定本。現存最早刊本是明萬曆吳勉學校勘的《醫學六經》本。此本於萬曆二十九年（1601年）收入吳勉學校勘的《古今醫統正脈全書》中，清以後有十餘種刻本，建國後又有影印本刊行。但後各家印本均以《醫統正脈》本為祖本。此次校注工作亦以明刊《醫統正脈》本影印本為底本。

卷一
精神五臟論第一
五臟變腧第二
五臟六腑陰陽表裡第三
五臟六腑官第四
五臟大小六腑應候第五
十二原第六
十二經水第七
四海第八
氣息周身五十營四時日分漏刻第九
營氣第十
營衛三焦第十一
陰陽清濁精氣津液血脈第十二
津液五別第十三
奇邪血絡第十四
五色第十五
陰陽二十五人形性血氣不同第十六

卷二
十二經脈絡脈支別（上）
十二經脈絡脈支別（下）
奇經八脈第二
脈度第三
十二經標本第四
經脈根結第五
經筋第六
骨度腸度腸胃所受第七

卷三
諸穴
頭直鼻中髮際傍行至頭維凡七穴第一
頭直鼻中入髮際一寸循督脈卻行至風府凡八穴第二
頭直俠督脈各一寸五分卻行至玉枕凡十穴第三
頭直目上入髮際五分卻行至腦空凡十穴第四
頭緣耳上卻行至完骨凡十二穴第五
頭自髮際中央傍行凡五穴第六
背自椎循督脈行至脊骶凡十一穴第七
背自椎兩傍俠脊各一寸五分下至節凡四十一穴第八

卷四
卷五
卷六
卷七
卷八
卷九
卷十
卷十一
卷十二