收錄了隋·巢元方存世著作《諸病源候論》。《諸病源候論》，又名《巢氏諸病源候總論》《巢氏病源》。全書50卷，67門，1739候，是史上最早、內容最系統最全面的病因病理證候學專著。隋代太醫博士巢元方等集體編撰，成書于隋大業六年(610)。全書收羅廣遠，門類齊備，以綱統目，內容涉及內、外、婦、兒、五官各科病證：卷一至二十七論內科諸病；卷二十八至三十論五官科諸病；卷三十一至三十六論外傷科諸病；卷三十七至四十四論婦產科諸病；卷四十五至五十論小兒科諸病。本書徵引的典籍，保存了大量已佚隋以前古醫書文獻，所附載的養生方導引法，多出自道家秘笈而在本書中得以保留。

本書宋代以來將其與《素》《難》等並稱為“七經”，作為醫生考試主課，除施以教學外，還直接用其指導醫療，有極其重要的科學史料價值和指導臨床的實用價值。本書首創對疾病的分類方法，後代所有大型著作如《太平聖惠方》《普濟方》等，均以本書內容分類作為綱領。在病因理論上發展了六淫致病學說，提出“乖戾之氣”等新的傳染病病因學說。首次提出防病理論，開創了實證研究、細微觀察的病因學研究方法，如對癩、疥、癬、腸道寄生蟲等病，明確指出有蟲寄生，成為寄生蟲病學、病原微生物學的先驅。首次介紹了過敏性疾病、感染性疾病、遺傳性疾病、地域性疾病的病因病機。

在病理學方面，強調不同疾病的病理特點和症狀要點，更加重視細微的變化。在證候歸納方面，至今仍是收羅最廣、敘證最全、首載證候最多的著述。書中對臨床症狀描述簡明切要，精確完整，對診斷疾病有很大幫助。對於證候分類，採用病因分類、病理分類、臟腑分類、病程分類，以及兼變症分類等，各有特點，又互為補充。而對疾病分科，已經基本接近現代臨床分科，成為唐以後中醫分為十三科的奠基著作。本書採用元刻《重刊巢氏諸病源候總論》為底本進行整理，適合各類中醫藥從業人員、中醫藥院校師生、中醫藥愛好者、中國歷史文化文獻研究人員等閱讀。

第一卷至第十卷
風病
虛勞病
腰背病
消渴病
解散病
傷寒病
時氣病
熱病
溫病
疫癘病

第十一卷至二十卷
瘧病
黃病
冷熱病
氣病
腳氣病
咳嗽病
淋病
小便病
大便病
五臟六腑病
心痛病
腹痛病
心腹痛病
痢病
濕露病
九蟲病
積聚病
疝病
痰飲病
癖病
痞噎病

第二十一卷至三十卷
脾胃病
嘔噦病
宿食不消病
水腫病
霍亂病
中惡病
屍病
蠱毒病
血病
毛發病
面體病
目病
鼻病
耳病
牙齒病
唇口病