斯卡為了解讀哥哥留下來的研究書，把被人造人抓走的馬可醫生救出來，並且前往北部。另一方面，愛力克兄弟也得知北部可能有他們需要的線索，於是也前往北部。所有的核心人物，都聚集到北部去了！

　　愛德與阿爾終於成功的抓到斯卡，但是為了解讀斯卡的哥哥留下來的鍊金術研究書，他們決定先暫時不將斯卡移交給軍方，而是與斯卡、馬可、小梅及溫莉一起躲藏在布里克斯要塞。這時候，阿爾的身體開始出現了一些變化。還留在真理之門另一側的身體，開始吸引他的靈魂…

　　就在阿爾馮斯與馬可醫生等人對抗普萊德的同時，潛入中央司令部的阿姆斯壯少將與弟弟也正在對抗斯洛烏斯。另一方面，潛入中央地下的愛德華等人，則是在路上碰到恩維。就在這時候，馬斯坦古上校也趕到。馬斯坦古上校在得知恩維就是殺害好友休斯的仇人之後，便以憤怒的火焰對恩維展開猛攻！

　　阿姆斯壯少將被帶到中央去質問雷文中將失蹤的事情，少將便將計就計的加入幕後黑手集團，想藉此查出更多的事情。另一方面，人造人的父親在睡夢中夢到以前的事情。那就是霍恩海姆以前在克塞魯克塞斯當奴隸時的事情。而最早的人造人就是在那裡誕生，而且還跟克塞魯克塞斯滅亡有關…

　　愛德與阿爾在北方失散之後便分開行動。阿爾在馬可醫生、斯卡的協助之下，成功的打倒人造人之一的恩維，並且與自己的爸爸─霍恩海姆重逢。另一方面，愛德也遇到因故奪回身體控制權的麟。就在這時候，阿爾從霍恩海姆口中，愛德則是從麟口中得知一個關鍵字，這個字就是「約定的日子」…

　　為了迎接「約定的日子」，不只是愛德華兄弟，連馬斯坦古上校等人都開始動起來了！就在這時候，在古拉曼中將的策劃下，大總統與傑利姆失蹤了。大家本來以為這是個好機會，沒想到父親大人居然親自坐鎮中央，而且阿爾馮斯還被人造人普萊德控制…

　　人造人們所謂的「約定的日子」即將來臨，但是他們還缺少一位祭品。這時候，他們看上實力堅強的馬斯坦古。本來是想藉由傷害霍克愛來逼迫他進行人體鍊成，但是意志堅定的馬斯坦古卻不願意這麼做。已經沒有時間的人造人只好使出最後的方法，來強迫馬斯坦古打開真理之門…

　　安妲爾吉亞王國因「魔森林」的魔物暴動而滅亡。 　　身為鍊金術師的少女──瑪莉艾拉雖然藉由「假死魔法陣」逃過一劫， 　　卻因為一點「粗心大意」而陷入漫長的睡眠，一覺醒來已是兩百年後。 　　──那裡是鍊金術師已經全數滅絕，魔藥成為高級品的另一個世界。 　　少女瑪莉艾拉成了迷宮都市唯一一名鍊金術師， 　　而她的願望是悠閒且愉快地在這座城市裡靜靜生活下去。 　　鍊金術師瑪莉艾拉的溫馨慢活型奇幻故...

　　愛德、阿爾、霍恩海姆、伊茲米、張梅等人開始與父親大人展開決戰。雖然五人奮力阻止父親大人達成計畫，但實力實在是相差太大，最後還是讓父親大人成功的利用日蝕讓自己得到「神」的力量。但因為霍恩海姆事先做了準備的關係，讓父親大人的計畫沒有完全成功，而正在與布拉德雷交手的斯卡也在打倒敵人之後伸出援手，人類開始對人造人展開反擊！

　　愛德、阿爾在眾人的協助之下與「父親大人」展開最後的決戰！雖然「父親大人」展現驚人的力量，讓眾人的攻擊完全傷害不了他，但是大家還是不輕言放棄，繼續展開猛烈的攻勢，終於讓「父親大人」再也壓抑不住體內那個「名為神的東西」。瀕臨崩潰的他，為了再得到更多的賢者之石，而把魔手伸向因為受傷而動彈不得的愛德。為了解救這個愛德的危機，阿爾做出驚人的決定！

　　出現在伏黑與釘崎面前的，是咒術高專京都校的東堂葵與禪院真依！聽到東堂詢問他喜歡女性的類型，伏黑的答案是？另一方面，修行中的虎杖為了在實戰中鍛鍊，動身前往咒靈引發事件的現場…！

　　少年感化院內突然出現咒胎。為了救出留在裡面的人，高專派遣虎杖等一年級生前往！然而，咒胎變化成特級咒靈並發動襲擊，讓他們一行人陷入了危機。虎杖與宿儺交換身體的控制權，想要打倒咒靈。然而……！

　　京都組想趁交流會解決虎杖。這時，真人率領咒靈與咒詛師闖入交流會。教師們動身去救學生，但卻被敵方的「帳」給分隔開了…！狗卷與伏黑遭到特級咒靈・花御襲擊，他們能夠脫離危機嗎？

　　京都姊妹校交流會開始。第一天是團體戰，由先祓除區域內２級咒靈的隊伍獲勝。但好戰的東堂卻立刻對東京發動襲擊，虎杖只好出面迎擊。然而，其他京都校的成員為了要暗殺虎杖也開始參戰，讓虎杖陷入了困境之中！