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1993年提升為眼科系，並設置次專科有視網膜科、青光眼科、角膜科、小兒斜弱視暨眼屈光科等次專科。
1995年高雄長庚兒童醫院開幕，設立兒童眼科門診，並含各次專科醫師。
1996年鄧美琴醫師擔任第二任眼科系主任，主治醫師成長至13名，住院醫師15名，加上醫技及護理人員，全科同仁約近60人。
1997年引進高雄地區第一部準分子雷射儀器，為廣大眼鏡族提供最新屈光矯正手術。
2002年郭錫恭醫師擔任第三任眼科系主任，主治醫師17名、研究員醫師2名、住院醫師8名、門診技術員21名及手術室護理人員10名，鼓勵科系醫師人才國內外進修碩博士學位、推動科系學術研究風氣。
2002年 設置眼部美容暨準分子雷射中心，由方博炯醫師擔任中心負責人，並開立準分子雷射門診，提供近視雷射、眼睛健檢及眼部美容服務。
2006年高雄長庚復健大樓開幕，眼科本科系成人門診遷移至復健大樓二樓。
2008年配合成人門診遷移至復健大樓二樓，眼科病房遷移至兒童醫院8F病房區；方博炯醫師申請夜戴型角膜塑型隱形眼鏡人體試驗案，經人體試驗委員會及衛生署審核，為台灣首位進行角膜塑型臨床試驗研究計劃主持人，該研究結果通過衛生署審查並核發全國首張角膜塑型夜戴型隱形眼鏡醫療器材許可証。
2009年配合癌症中心設置計劃，眼科開刀房遷移至兒童醫院5F大開刀房；眼科系吳佩昌醫師、郭錫恭醫師、方博炯醫師、陳志信醫師及李仲哲醫師等醫師，合作發明抑制近視度數增加之低濃度阿托平眼藥劑及其製造方法，並取得中華民國專利証書。
2011年通過行政院衛生署評鑑核准成立眼角膜/鞏膜/羊膜保存庫，由角膜科主任方博炯醫師擔任醫學主管，眼科開刀房李免護理長擔任品質主管；成立眼科系近視防治中心，由吳佩昌醫師擔任中心負責人，設置中心醫師團隊、個管師1名，約聘專任研究助理1名。
2012年吳佩昌醫師擔任第四任眼科系主任，科內成員有主治醫師16名、研究員醫師1名、住院醫師10名、門診技術員21名、近視防治中心個管師1名、手術室護理人員12名、研究助理8名；承接國健署「國小低年級學童視力保健介入計劃」委託案，介入措施之結果發表獲得國際重視，榮獲2015年第43屆美國公共衛生年會頒發Dr.MelShipp最佳摘要獎。
並於2018年發表在重量級眼科期刊雜誌Ophthalmology(IF7.479)2014年因應中華民國眼科醫學會新制評鑑標準，依主治醫師個人專長分組設置青光眼科、角膜科、視網膜科、小兒暨斜弱視科、眼整型科、眼屈光、葡萄膜炎及眼神經科等八大次專科，並規劃培養各次專主治醫師人才，強化各次專科醫師團隊，以完整專科醫師教學訓練。
2015年近視防治中心以主題「近視竟失明，戶外來護EYE！近視稍息~從離島到新視界」參加國家生技醫療品質獎／社區服務組競賽，榮獲國家品質標章(SNQ)認證，為第一個榮獲SNQ近視防治團隊；並
1993年提升為眼科系，並設置次專科有視網膜科、青光眼科、角膜科、小兒斜弱視暨眼屈光科等次專科。
1995年高雄長庚兒童醫院開幕，設立兒童眼科門診，並含各次專科醫師。
1996年鄧美琴醫師擔任第二任眼科系主任，主治醫師成長至13名，住院醫師15名，加上醫技及護理人員，全科同仁約近60人。
1997年引進高雄地區第一部準分子雷射儀器，為廣大眼鏡族提供最新屈光矯正手術。
2002年郭錫恭醫師擔任第三任眼科系主任，主治醫師17名、研究員醫師2名、住院醫師8名、門診技術員21名及手術室護理人員10名，鼓勵科系醫師人才國內外進修碩博士學位、推動科系學術研究風氣。
2002年 設置眼部美容暨準分子雷射中心，由方博炯醫師擔任中心負責人，並開立準分子雷射門診，提供近視雷射、眼睛健檢及眼部美容服務。
2006年高雄長庚復健大樓開幕，眼科本科系成人門診遷移至復健大樓二樓。
2008年配合成人門診遷移至復健大樓二樓，眼科病房遷移至兒童醫院8F病房區；方博炯醫師申請夜戴型角膜塑型隱形眼鏡人體試驗案，經人體試驗委員會及衛生署審核，為台灣首位進行角膜塑型臨床試驗研究計劃主持人，該研究結果通過衛生署審查並核發全國首張角膜塑型夜戴型隱形眼鏡醫療器材許可証。
2009年配合癌症中心設置計劃，眼科開刀房遷移至兒童醫院5F大開刀房；眼科系吳佩昌醫師、郭錫恭醫師、方博炯醫師、陳志信醫師及李仲哲醫師等醫師，合作發明抑制近視度數增加之低濃度阿托平眼藥劑及其製造方法，並取得中華民國專利証書。
2011年通過行政院衛生署評鑑核准成立眼角膜/鞏膜/羊膜保存庫，由角膜科主任方博炯醫師擔任醫學主管，眼科開刀房李免護理長擔任品質主管；成立眼科系近視防治中心，由吳佩昌醫師擔任中心負責人，設置中心醫師團隊、個管師1名，約聘專任研究助理1名。
2012年吳佩昌醫師擔任第四任眼科系主任，科內成員有主治醫師16名、研究員醫師1名、住院醫師10名、門診技術員21名、近視防治中心個管師1名、手術室護理人員12名、研究助理8名；承接國健署「國小低年級學童視力保健介入計劃」委託案，介入措施之結果發表獲得國際重視，榮獲2015年第43屆美國公共衛生年會頒發Dr.MelShipp最佳摘要獎。
並於2018年發表在重量級眼科期刊雜誌Ophthalmology(IF7.479)2014年因應中華民國眼科醫學會新制評鑑標準，依主治醫師個人專長分組設置青光眼科、角膜科、視網膜科、小兒暨斜弱視科、眼整型科、眼屈光、葡萄膜炎及眼神經科等八大次專科，並規劃培養各次專主治醫師人才，強化各次專科醫師團隊，以完整專科醫師教學訓練。
2015年近視防治中心以主題「近視竟失明，戶外來護EYE！近視稍息~從離島到新視界」參加國家生技醫療品質獎／社區服務組競賽，榮獲國家品質標章(SNQ)認證，為第一個榮獲SNQ近視防治團隊；並