1949年以來，在政府的大力支持和推動下，開展了系統的中醫藥古籍整理研究。1958年，國務院科學規划委員會古籍整理出版規划小組在北京成立，負責指導全國的古籍整理出版工作。1982年，國務院古籍整理出版規划小組召開全國古籍整理出版規划會議，制定了《古籍整理出版規划（1982—1990）》，衛生部先后下達了兩批200余種中醫古籍整理任務，掀起了中醫古籍整理研究的新高潮，對中醫文化與學術的弘揚、傳承和發展，發揮了極其重要的作用，產生了不可估量的深遠影響。

卷之一辨傷寒非寒病論纂注《內經•熱論》圖注內經足陰陽六經之脈歷考昔賢論傷寒兼傳手六經說圖注《內經》手陰陽六經之脈卷之二纂注傷寒例附昔賢傷寒例卷之三辨太陽病脈證並治法上桂枝湯方桂枝加葛根湯方桂枝麻黃各半湯方桂枝二麻黃一湯桂枝二越婢一湯方桂枝去桂加茯苓白術湯方卷之四辨太陽病脈證並治法中葛根湯方葛根加半夏湯方葛根黃芩黃連湯方麻黃湯方大青龍湯方小青龍湯方桂枝新加湯方麻黃杏仁甘草石膏湯方桂枝甘草湯方茯苓桂枝甘草大棗湯方厚朴生姜甘草半夏人參湯方茯苓桂枝白術甘草湯方五苓散方茯苓甘草湯方梔子豉湯方梔子甘草豉湯方梔子生姜豉湯方梔子厚朴湯方梔子干姜湯方小建中湯方桃核承氣湯方抵當湯方抵當丸方卷之五辨太陽病脈證並治法下大陷胸丸方大陷胸湯方小陷胸湯方文蛤散方白散方十棗湯方大黃黃連瀉心湯方附子瀉心湯方生姜瀉心湯方甘草瀉心湯方赤石脂禹余糧湯方旋覆代赭石湯方桂枝人參湯方瓜蒂散方黃連湯方炙甘草湯方附昔賢治太陽病方論變法《肘后》蔥豉湯方《千金》葛根湯方《千金》升麻湯方《千金》葛根龍膽湯方《小品》詔書發汗白薇散方《小品》葳蕤湯方《活人》麻黃湯方《本事》黃芪建中加當歸湯方《微旨》六物麻黃湯方《河間》清解散《河間》天水散《河問》雙解散又通解四時傷寒大神術湯方《舉要》沖和湯方《舉要》芎黃湯方《醫案》麻黃人參四味湯方《證治》和解散方《廣筆記》羌活湯方卷之六辨陽明病脈證並治法調胃承氣湯方大承氣湯方小承氣湯方白虎湯方白虎加人參湯方豬苓湯方蜜煎導方豬膽汁方土瓜根方茵陳蒿湯方麻仁丸方梔子檗皮湯方麻黃連軺赤小豆湯方附昔賢治陽明病方論變法石膏湯方《微旨》調脈湯方《微旨》薄荷湯方卷之七辨少陽病脈證並治法小柴胡湯方大柴胡湯方柴胡加芒硝湯方柴胡加龍骨牡蠣湯方柴胡桂枝湯方柴胡桂枝干姜湯方半夏瀉心湯方黃芩湯方附昔賢治少陽病方論變法附陶氏加減法卷之八辨太陰病脈證並治法桂枝加芍藥湯方桂枝加大黃湯方附昔賢治太陰病方論變法《總論》橘皮湯方新增黃芩芍藥湯方卷之九辨少陰病脈證並治法麻黃附子細辛湯方麻黃附子甘草湯方黃連阿膠湯方附子湯方桃花湯方豬膚湯方甘草湯方桔梗湯方苦酒湯方半夏散及湯方四逆散方附昔賢治少陰病方論變法《難知》一物黃連瀉心湯《難知》涼膈去硝散方（新增）玄黃膏方卷之十辨厥陰病脈證並治法烏梅丸方麻黃升麻湯方干姜黃連黃芩人參湯方白頭翁湯方附昔賢治厥陰病方論變法《直格》黃連解毒湯方新增清中安蛔湯方卷之十一辨陰陽易差后勞復病脈證並治法燒褌散方枳實梔子豉湯方牡蠣澤瀉散方理中丸方竹葉石膏湯方附昔賢治瘥后病方論變法又療勞復大青湯方又療傷寒瘥后，勞復，葵子湯方栝蔞湯方蔥豉湯方葛根姜豉湯蘆根湯栝蔞竹茹湯鼠矢薤根湯附子黃芪湯又療傷寒口干喜唾方《活人》當歸白術湯卷之十二辨誤汗吐下火灸溫針逆病脈證並治法桂枝去芍藥加蜀漆龍骨牡蠣救逆湯方桂枝甘草龍骨牡蠣湯方附昔賢治逆病方論變法卷之十三辨溫病脈證並治法新增葛根黃芩湯方附昔賢治溫病方論變法附方劑分兩說卷之十四辨風池風府期門等穴針刺法附刺溫熱病五十九穴考正附刺熱病針圖附同身寸說校注后記