五條與夏油被派去保護「星漿體」，卻遭到自稱伏黑的「術師殺手」奇襲，導致他們陷入了最糟的狀況當中。五條他們眼看就要全滅了，但……！當年的事件讓五條成為了最強的術師，並導致夏油造反。這個事件的結局將會是——？

　　京都組想趁交流會解決虎杖。這時，真人率領咒靈與咒詛師闖入交流會。教師們動身去救學生，但卻被敵方的「帳」給分隔開了…！狗卷與伏黑遭到特級咒靈・花御襲擊，他們能夠脫離危機嗎？

　　高專擊退了特級咒靈・花御等人的來襲，但宿儺的手指和特級咒物「咒胎九相圖」卻被搶走了。九相圖得到新的肉身，誕生了新的威脅——虎杖等人並不知道這件危機，前往擊退「出現在門前的咒靈」，然而……！

　　為了獲得能自由活動的身體，「機械丸」與幸吉勾結咒靈…但雙方交涉決裂，他在不得已之下只好跟真人開戰。與幸吉使出秘策想脫離險境，但……！ 　　然後，在10月31日，「帳」在街上出現，「澀谷事變」開始了！

　　「咒胎九相圖」獲得肉身後，虎杖等人打倒次男與三男，回收了宿儺的手指。這次的戰果讓他們獲得了推薦，有機會升上１級術師。在暗地裡運作的五條，又有什麼打算呢…？——故事要從五條與夏油還是高專二年級學生時的事件開始講起！

　　禪院甚爾降靈後狀況急轉直下，使澀谷事變陷入更大的混亂！冥冥為了追捕夏油而趕往地下月台，七海則是因為輔助監督遭害而感到憤怒——就在一級術師在發動攻勢時，虎杖遇到了九相圖的長男・脹相……！

　　陀艮變身成為可怕的咒靈…！毫無極限的咒力奔流，直往直毘人、真希、七海襲擊而去！另一方面，仰慕夏油的咒詛師一派為了奪回夏油的肉體，便試圖要喚醒最可怕的那名人物——！

　　澀谷車站地下月台塞滿了一般人與改造人—— 　　在眾人無處可逃的慘況下，五條的力量還是凌駕於咒靈之上。 　　然而，敵人卻使出了絕招要封印五條……！ 　　虎杖急忙趕往地下月台時，卻有意料之外的伙伴來到了他身邊！

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　　少年感化院內突然出現咒胎。為了救出留在裡面的人，高專派遣虎杖等一年級生前往！然而，咒胎變化成特級咒靈並發動襲擊，讓他們一行人陷入了危機。虎杖與宿儺交換身體的控制權，想要打倒咒靈。然而……！

　　高中生「乙骨憂太」身上有強大的怨靈附身，而那個怨靈正是他的青梅竹馬「祈本里香」。里香因為太愛憂太，而附身在他身上，偶爾會跑出來攻擊欺負憂太的人，或者是攻擊想要接近憂太的女生。憂太因此心灰意冷，希望自己能接受死刑。然而，這時「咒術高專」的老師五條悟卻出現在憂太面前，要他轉學到「咒術高專」就讀，學習祓除怨靈的方法。  

　　虎杖悠仁是一位體育萬能的高中生，某天他為了從「咒物」危機中解救學長姊，而吞下了詛咒的手指，讓「宿儺」這種詛咒跟自己合而為一。之後他加入了專門培養咒術師的學校「咒術高專」，並遇到了伏黑惠與釘崎野薔薇這兩位同學。某日，突然出現「特級咒物」，他們三人就奉命到現場支援。為了實現爺爺要他「助人」的遺言，虎杖將會繼續與「詛咒」奮鬥下去！

　　愛德、阿爾在眾人的協助之下與「父親大人」展開最後的決戰！雖然「父親大人」展現驚人的力量，讓眾人的攻擊完全傷害不了他，但是大家還是不輕言放棄，繼續展開猛烈的攻勢，終於讓「父親大人」再也壓抑不住體內那個「名為神的東西」。瀕臨崩潰的他，為了再得到更多的賢者之石，而把魔手伸向因為受傷而動彈不得的愛德。為了解救這個愛德的危機，阿爾做出驚人的決定！

　　愛德、阿爾、霍恩海姆、伊茲米、張梅等人開始與父親大人展開決戰。雖然五人奮力阻止父親大人達成計畫，但實力實在是相差太大，最後還是讓父親大人成功的利用日蝕讓自己得到「神」的力量。但因為霍恩海姆事先做了準備的關係，讓父親大人的計畫沒有完全成功，而正在與布拉德雷交手的斯卡也在打倒敵人之後伸出援手，人類開始對人造人展開反擊！