《精編藥物彩色圖本》分三卷，收錄藥物365種，按照功效分為上、中、下三品。上品120種，主要是一些無毒藥，以滋補營養為主，既能祛病，長服又可強身延年；中品120種，一般無毒或有小毒，多數具補養和祛疾雙重功效，但不需久服；下品125種，是以祛除病邪為主的藥物，多數有毒或藥性峻猛，容易克伐人體正氣，使用時一般病癒即止，不可過量使用。另外，《本經》依循《內經》提出的君、臣、佐、使的組方原則，將方劑藥物以朝中的君臣地位分，表明其主次關係和配伍的法則。
　　
《精編藥物彩色圖本》對藥物性味已有了詳盡的描述，指出寒、熱、溫、涼四氣和酸、苦、甘、辛、鹹五味是藥物的基本性情，可針對疾病的寒、熱、濕、燥性質的不同選擇用藥，寒病選熱藥，熱病選寒藥，濕病選溫燥之品，燥病須涼潤之流，相互配伍，並參考五行生克的關係。人們只有對藥物的歸經、走勢、升降、浮沉都很瞭解，才能選藥組方，配伍用藥。


本經上品
樸消
消石
滑石
紫石英
白石英
赤石脂
禹餘糧
合歡
赤箭（天麻）
龍眼
豬苓
茯苓
柏子
天冬
麥冬
白術
千地黃
菖蒲
遠志
澤瀉
薯蕷（山藥）
菊花
甘草
人參
石斛
絡石
龍膽
牛膝
卷柏
杜仲
細辛
獨活
柴胡
酸棗
槐實
枸杞
薏苡仁
車前子
蛇床子
菟絲子
地膚子
蒺藜子
茜根
白英
茵陳蒿
漏蘆
王不留行
蒲黃
肉蓯蓉
女貞實
辛夷
榆皮
阿膠
葡萄
蓬蒙（覆盆子）
大棗
藕實莖
雞頭實
白瓜子
冬葵子
莧實
苦菜
胡麻

本經中品
石鐘乳
石硫黃
慈石
凝水石
石膏
陽起石
防風
秦艽
黃芪
巴戟天
吳茱萸
黃連
五味子
決明子
芍藥
桔梗
川芎
葛根
知母
貝母
栝樓
丹參
厚樸
竹葉
玄參
沙參
苦參
續斷
枳實
山茱萸
桑根白皮
松蘿
狗脊
萆薢
石韋
通革
瞿麥
莨菪子
秦皮
蜀椒
白芷
白薇
升麻
蒼耳
茅根
百合
酸醬
淫羊藿
梔子
衛矛
紫葳
白鮮
爵床
五加皮
水萍
乾薑
木香
牛黃
鹿茸
露蜂房
蚱蟬
桑螵蛸
龜甲
鱉甲
梅實
蔥實

本經下品
大黃
當歸
蔓椒
巴豆
甘遂
葶藶
大戟
澤漆
芫花
旋覆花
蚤休
狼毒
鬼臼
篇蓄
商陸
天雄
烏頭
附子
射干
荊芥
積雪草
皂莢
麻黃
楝實
梓白皮
半夏
款冬
牡丹皮
防己
黃芩
地榆
澤蘭
紫參
貫眾
青葙子
藜蘆
天南星
連翹
白蘞
白頭翁
白及
敗醬
羊桃
羊蹄
陸英
夏枯草
蛇蛻
蜈蚣
白頸蚯蚓
螻蛄
蜣螂
斑蝥
水蛭
杏核仁
桃核仁
瓜蒂
苦瓠